Organik Tarım Küme Yol Haritasında belirtilen faaliyetlerin planlanması, uygulanması ve koordinasyonunun sağlanması amacıyla kamu, özel sektör, akademi ve sivil toplum kuruluşlarının temsilcilerinden oluşan bir yönetişim yapısı 6 Mart 2012 tarihi itibariyle oluşturulmuştur.

Bu kapsamda GAP Organik Tarım Kümesi için bir Yönlendirme Kurulu, bir Yürütme Kurulu ve Kurumsal Kapasite Geliştirme Çalışma Grubu, Pazarlama ve Tanıtım Çalışma Grubu, Organik Tekstil Çalışma Grubu, Organik Gıda Çalışma Grubu, Organik Tarım Danışmanlık Merkezi (OTADAM) Çalışma Grubu olmak üzere beş tematik çalışma grubu kurulmuştur.

Çalışma Grupları, Küme Yol Haritasında belirlenen ana başarı unsurları çerçevesinde küme vizyonunda belirlenen hedef doğrultusunda Mart 2012-Haziran 2015 tarihleri arasında faaliyetlerini yürütmüştür. 15 Haziran 2015 tarihinde yapılan Yürütme Kurulu toplantısında çalışma gruplarının Gıda Çalışma Grubu ve Tekstil Çalışma Grubu olarak iki grup halinde devam etmesi kararı alınmıştır. 

Küme üyelerine yönelik kurumsal kapasite ihtiyaçlarının belirlenmesinin ardından, kurumsal kapasite geliştirme çalışmaları ve çalışma gruplarının iş planları kapsamında eğitim programları (eğiticilerin eğitimi, kümelenme, pazarlama,  organik tarım eğitimleri) düzenlenmiştir. Ayrıca; birbirleri ile tamamlayıcılık ilkesi doğrultusunda teknik çalışma gezileri, yurt içi ve yurt dışında organik pazarlara ve organik fuarlara katılım, pilot ve demonstratif çalışmalar, ağ oluşturma faaliyetleri gerçekleştirilmektedir.

Küme yönetişim yapısının işleyişine ilişkin sağlanan teknik desteğin, yönetişim yapısının ve kurumsallaşma çalışmalarının sürdürülebilirliğinin sağlanabilmesi adına, daha yoğun ve mümkün mertebe daha uzun süreli bir nitelikte olması gerekmektedir. 15 Haziran 2015 tarihinde yapılan GAP Organik Tarım Kümelenme Girişimi Yürütme Kurulu Toplantısında alınan karar gereği 10 Mayıs 2016 tarihinde “GAP Organik Küme Derneği” kurulmuştur.