Organik tarım yapmaya karar veren üreticiler veya işletmelerin, organik tarım kontrolü için Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından yetki verilmiş bir Kontrol ve Sertifikasyon Kuruluşuna (KSK) başvurmaları gerekmektedir.

• Başvuru yapmak isteyen müteşebbislere, KSK tarafından Organik Tarım Başvuru Formu gönderilir.
• Formdaki bilgilerin KSK tarafından incelenmesini takiben hazırlanacak bütçenin kabulünden sonra sözleşme imzalanır.
• Müteşebbis ile sözleşme yapıldıktan sonra müteşebbisin başvuru ve sözleşme bilgilerine göre bir denetim planı hazırlanır ve kontrolör gerekli kontrolleri yapmak için görevlendirilir. Doldurulması gerekli dokümanlar müteşebbise iletilir ve kontrol günü saptanır.
• Daha sonra yerinde arazi ve işletme kontrolleri yapılır.
• Bu kontrollerin sonucuna göre kontrolör tarafından kontrol raporu yazılır.
• Sertifiker tarafından incelenen raporun sonucuna göre üretim organik olarak sertifikalanır veya sertifikalanmaz.

Kontrol sonucu olumlu bir karar verilirse müteşebbise organik tarım şartlarını karşıladığını gösteren bir belge (Organik Tarım Müteşebbis Sertifikası) verilir, eğer geçiş sürecini tamamlamış ise Müteşebbis Sertifikası ile birlikte Organik Ürün Sertifikası da verilir.

Olumsuz kararda durum müteşebbise bildirilir (olumsuz sertifikasyon kararı yazısı) ve süreç en baştan başlatılır.